В 1907 году, будучи известным и авторитетным хирургом, он становится руководителем кафедры и клиники факультетской хирургии Санкт-Петербургского Женского Медицинского Института. На кафедру пришел опытный, квалифицированный хирург, что во многом определило ее дальнейшее развитие.
     С именем профессора Г.Ф.Цейдлера связано коренное переустройство клиники. К его приходу факультетская хирургическая клиника ютилась в двух женских и двух мужских палатах. С первых же дней своей работы на кафедре профессор Г.Ф.Цейдлер поднимает вопрос о постройке для факультетской хирургической клиники здания, т.к. существовавшие помещения не могли удовлетворить потребностей клиники, все вспомогательные комнаты были общими с госпитальной хирургической клиникой.
     По планам, лично разработанным Г.Ф.Цейдлером, всего за 3 года (с 1910 по 1913 год) было построено 4-х этажное здание факультетской хирургической клиники, оснащенное и оборудованное по последнему слову медицинской техники того времени на средства, пожертвованные главным образом выпускницей Женского Медицинского Института и ученицей Г.Ф.Цейдлера, ассистентом клиники Мартой Людвиговной Нобель-Олейниковой, родственницей Альфреда Нобеля, в дальнейшем руководившей рентгеновским кабинетом клиники. В результате, клиника превратилась в передовое для того времени лечебное учреждение.
     Г.Ф.Цейдлер одним из первых в России обосновал необходимость ранней операции при остром аппендиците в докладе на IX съезде российских хирургов. В клинике раньше, чем в других учреждениях России, стали применяться подобные операции. Первая работа о хирургическом лечении острого аппендицита была опубликована Г.Ф.Цейдлером в 1910 году в журнале "Русский Врач", № 1. Одним из первых Г.Ф.Цейдлер обратил внимание на особенности диагностики и лечения острого бескаменного холецистита и холангита в своей статье "О холецистите и холангите без конкрементов" (журнал "Русский Врач", № 46, 1910) и о возможности формирования билио-дигестивных свищей ("Русский Врач", № 45, 1910).
     Г.Ф.Цейдлер был одним из первых российских хирургов, наложивших шов на рану сердца (14 апреля 1903 года в Обуховской больнице), а в 1913 году, на XII-м Пироговском съезде Российских хирургов, исчерпывающе освещает вопрос о ранениях сердца, основываясь на большом личном опыте и колоссальном материале Обуховской больницы (из книги Ю.Ю.Джанелидзе "Раны сердца и их хирургическое лечение", 1927). По выражению В.А.Оппеля "Хирургия сердца, повреждений сердца создана главным образом в России школой профессора Цейдлера". (В.А.Оппель. История русской хирургии. 1923 г.) Большое развитие в клинике при Г.Ф.Цейдлере получила хирургия органов брюшной полости.
     С 1913 года стала выполняться резекция желудка при раке (В.А.Шаак). Разрабатывалась проблема лечения язв желудка и двенадцатиперстной кишки. Вначале выполнялся гастро-еюноанастомоз, а затем - резекция желудка. С именем Г.Ф.Цейдлера связано обоснование хирургической тактики при опухолях ободочной кишки, осложненных острой кишечной непроходимостью. Им разработана методика трехэтапной операции, получившей название операции Цейдлера-Шлоффера. В 1913 году в клинике выполнена сложная для того времени операция - пневмотомия по поводу абсцесса легкого с благоприятным исходом (Ф.Х.Ванах).
     В годы Первой мировой войны клиника была превращена в госпиталь для раненых на 100 коек. В этот период под руководством Г.Ф.Цейдлера были выполнены исследования, посвященные хирургической инфекции, регенерации тканей, заживлению ран, лечению огнестрельных остеомиелитов, посттравматическим аневризмам артерий. Г.Ф.Цейдлер вошел в историю отечественной хирургии как крупнейший хирург-практик в области хирургии брюшной полости и как научный деятель, работы которого явились ценным вкладом в развитие хирургии в России.
     Профессор Г.Ф.Цейдлер привлек на работу в клинику ряд молодых талантливых врачей, многие из которых, в дальнейшем, стали видными хирургами (Ф.Х.Ванах, В.А.Шаак, Н.И.Спасокукоцкая, П.Г.Корнев). Сформировался дружный и работоспособный коллектив квалифицированных хирургов, ученых и преподавателей, который был способен решить сложнейшие задачи хирургии.
     В 1918 году заведующим кафедрой стал профессор В. А. Шаак.