В.А.Шаак работал врачом под руководством Г.Ф.Цейдлера, а также одновременно состоял в должности лаборанта при факультетской хирургической клинике Женского Медицинского Института (СПбЖМИ). С 1912 года он становится ассистентом той же клиники, руководимой профессором Г.Ф.Цейдлером. Одновременно замещал заведующего хирургическим отделением Биржевой Барачной больницы в С.-Петербурге, был практикантом патологоанатомического отдела Императорского института экспериментальной медицины.
     Вся основная хирургическая, научная и педагогическая деятельность В.А.Шаака связана с кафедрой и клиникой факультетской хирургии СПбЖМИ (в дальнейшем - 1-го Ленинградского Медицинского Института им. акад. И.П.Павлова).
     Приступив к заведованию кафедрой и клиникой, В.А.Шаак продолжил огромную работу по дальнейшему ее развитию, сохраняя прежний статус передового медицинского учреждения. Была организована клиническая лаборатория, рентгенологический и физиотерапевтический кабинеты. Увеличилось количество больных, расширился объем хирургических вмешательств, увеличилась научная продукция. К 1934-1940 годам в клинике уже ежегодно лечилось 2300-2500 больных и выполнялось свыше 1300 операций.
     В клинике интенсивно и плодотворно разрабатывались проблемы местного обезболивания. Проводниковая анестезия применялась при 70-80% операций. Клиника стала пионером в разработке других новых для того времени хирургических технологий. Уже в 1924 году стало осуществляться переливание крови (М.И.Шапкайц). Разрабатывались вопросы хирургического лечения болезней крови. В 1927 году впервые выполнена спленэктомия у больной с тяжелой формой тромбоцитопении. С этого времени и по настоящий период в клинике накоплен огромный опыт хирургического лечения гематологических заболеваний.
     В течение предвоенного периода произошло существенное увеличение объема учебной работы. Число студентов к 1939-1941 годам достигло 600. С 1925-26 годов вводится новая система преподавания. Лекции переносятся на дневные часы, а утренние часы (с 9.00 до 12.00) отводятся только для практических занятий и курирования больных.
     С 1924-25 годов в клинике стало работать студенческое научное общество (СНО), руководителем которого вначале был Л.А.Андреев, а с 1929 года - Л.С.Бекерман.
Научные заслуги В.А.Шаака огромны. Им написаны 130 научных работ по различным проблемам хирургии. Диапазон его исследований был весьма широк. Известны его работы по лечению хирургической инфекции, пластике при переломах костей свода черепа, ампутациям и экзартикуляциям конечностей. В 1914 году им защищена докторская диссертация на тему: "Изменения крови и кроветворных органов после ампутаций и экзартикуляций". Ряд исследований В.А.Шаака посвящен сосудистой хирургии. В 1910 году опубликована работа о травматических аневризмах, в 1911 - о пересадке большой подкожной вены в бедренную при варикозной болезни. В 1916 году на XIV съезде российских хирургов В.А.Шаак сообщил об использовании сосудистого шва при травматических аневризмах - операции, которая в те времена была уникальной и свидетельствовала о высоком мастерстве хирурга. В 1918 году В.А.Шаак и П.Г.Корнев в эксперименте разработали методику обширной резекции печени, используя с гемостатической целью свободную пересадку фасции. В.А.Шаак одним из первых в нашей стране стал разрабатывать проблему местного обезболивания. Этот опыт был обобщен в монографии "Местное обезболивание в хирургии", опубликованной совместно с Л.А.Андреевым в 1926 году. Книга выдержала 3 издания и считалась лучшим руководством по проводниковой анестезии. До настоящего времени ее материалы и положения не потеряли своего значения. В.А.Шаак и его сотрудники отдали много сил изучению нагноительных заболеваний легких и плевры, обосновав показания и методы их оперативного лечения. Под его руководством Е.С.Драчинская интенсивно изучала проблему хирургического лечения заболеваний щитовидной железы. Огромна заслуга В.А.Шаака в создании и редактировании руководств по хирургии. В этом он делит славу с крупнейшими хирургами С.С.Гирголавом и В.С.Левитом. Под редакцией С.С.Гирголава и В.А.Шаака в 1928 году вышло двухтомное руководство "Общая хирургия"; под редакцией С.С.Гирголава, В.С.Левита и В.А.Шаака - трехтомное руководство "Частная хирургия" (1937-1938) и руководство "Ошибки, опасности и непредвиденные осложнения в хирургии" (1938).
     Свыше 20 лет заведуя кафедрой факультетской хирургии 1 ЛМИ, В.А.Шаак проявил себя отличным преподавателем и знатоком своего предмета. Много сил и педагогический талант он отдал высшей медицинской школе и делу подготовки врачей. В 1927-1930 годах он был деканом института, а в 1934-1935 годах - заместителем директора по научной части.
     В начале Великой Отечественной войны занятия в факультетской хирургической клинике начались 1 августа. Ввиду того, что в здании клиники были размещены койки для обслуживания раненых бойцов и командиров, занятия со студентами были перенесены в помещение пропедевтической терапевтической клиники, куда были переведены "гражданские" койки факультетской клиники. До 1 ноября 1941 года занятия в клинике проходили по обычной программе и в более или менее нормальных условиях . Количество обучавшихся студентов не превышало 80 человек. В связи с изменением контингента больных, студентам приходилось реже видеть больных с грыжами, аппендицитом, опухолями, и чаще курировать больных с травмами. В лекционную программу, помимо обычных тем факультетской хирургической клиники, были введены новые темы по военно-полевой хирургии: первичная обработка ран, ранения кровеносных сосудов, грудной и брюшной полостей. Лекции читались в аудитории. Посещаемость была хорошей. После того, как во время воздушной тревоги от взрыва сброшенной поблизости бомбы были разбиты окна в аудитории и осколками стекла была ранена одна студентка, лекции были перенесены в вестибюль первого этажа.
     С 1 декабря 1941 года и до 1 марта 1942 года, ввиду того, что количество студентов, посещающих занятия, стало уменьшаться, а также ухудшились условия для преподавания, занятия были временно прекращены. Но уже с 1 марта, по постановлению дирекции института, занятия возобновились. 7 марта 1942 года пришел новый IV курс, лекции которому читали оба доцента. На лекциях присутствовали 25-30 студентов. Курирование велось не в клинике, т.к. раненых было очень мало, а в другом госпитале, под руководством доцента Л.С.Бекермана. В дальнейшем учебный процесс все более и более входил в нормальное русло. С 1943 года по сентябрь 1944 года осуществлялось курирование больных с военной травмой, хотя для демонстрации больных на лекциях использовались больные с заболеваниями "мирной" хирургии.
     Также с началом Великой Отечественной войны часть сотрудников и студентов института была эвакуирована в Кисловодск, где даже в условиях оккупации продолжалась работа по лечению больных и обучению студентов. В.А.Шаак возглавлял эту работу. При отступлении немецких войск В.А.Шаак был интернирован и отправлен в Германию. После окончания войны, благодаря исключительной настойчивости и мужеству, а также поддержке А.В.Вишневского, В.А.Шаак вернулся в Ленинград. Будучи уже в преклонном возрасте, руководил хирургическим отделом Ленинградского Государственного рентгенологического и радиологического института.