19 августа 1944 года утвержден заведующим кафедрой и клиникой факультетской хирургии 1 ЛМИ, и в том же году, 14 сентября.
     Период, когда кафедрой и клиникой руководил П.А.Куприянов, как уже было сказано, характеризуется большим опытом в лечении ранений различной локализации. Количество коек в клинике после войны стало недостаточным и с 1946 года для учебного процесса стали использоваться другие учреждения города. Такой клинической базой в этот период и на продолжительное время стала Ленинградская областная больница.
     Интенсифицировался учебный процесс. Уже в первый послевоенный год число студентов увеличилось до 600. Преподавательскую работу осуществлял очень опытный и квалифицированный коллектив преподавателей: профессор Е.С.Драчинская, доцент Л.С.Бекерман, ассистенты Д.Н.Балаценко, Р.М.Гуревич, К.В.Заглядимова, Б.О.Зельдин, С.А.Иохельсон, П.С.Кустов, И.Е.Коган, Н.А.Кроткина, Р.О.Левин, И.И.Неймарк, А.М.Рязанский, Н.Г.Свияженинова, Т.Н.Черносвитова, А.А.Ярицын.
С 1945-1946 учебного года жизнь факультетской хирургической клиники вернулась в режим мирного времени. В клинике все меньше было больных с военной травмой и все больше - с хирургическими заболеваниями. Возобновились дежурства по неотложной и скорой помощи. В этом учебном году, в связи с реэвакуацией студентов, количество последних резко увеличилось. В клинике одновременно велось преподавание для двух потоков VII семестра и двух потоков VIII семестра. Всего за этот учебный год в клинике прошли обучение 750 студентов. Занятия со студентами проходили по принципам довоенного времени. Лекции читали профессор и доценты клиники. Кроме того, со студентами, помимо обычных занятий с ассистентами, один раз в неделю проводились разборы нескольких больных. Вновь, помимо курирования больных в стационаре, были введены обязательные занятия в поликлинике в течение одной недели.
     Преподавание хирургии в период 1946-1955 годов и в последующий период, включая 60-е и 70-е годы, велось в соответствии с существовавшей программой для кафедр факультетской хирургии и заключалось, помимо лекционного курса, в двух циклах практических занятий (в одном семестре – в течение 3 недель, во втором – в течение 2 недель). По окончании IV курса студенты выезжали на производственную практику и работали помощниками врача в хирургических отделениях в течение 3 недель. Практика проходила в лечебных учреждениях Ленинградской, Мурманской областей, Карельской АССР, а в последующем - в Калининградской, Новгородской и Псковской областях.
     П.А.Куприянов является основоположником сердечно-сосудистой хирургии. Он первым в стране применил глубокую гипотермию и под ее защитой выполнял операции на открытом сердце. За работы в области сердечно-сосудистой хирургии был удостоен Ленинской премии (1960), звания Героя Социалистического Труда (1963). Внес большой вклад в развитие торакальной хирургии: монографии "Гнойные заболевания легких и плевры" (1955), "Некоторые вопросы грудной хирургии" (1955, совместно с И.А.Трухалевым), "Операции на органах груди" (1960).
     В 1948 году П.А.Куприянов покидает клинику факультетской хирургии 1 ЛМИ. Он организует в Военно-Медицинской Академии им.С.М.Кирова кафедру усовершенствования врачей, которая ныне носит его имя.
     С 1948 года заведующим кафедрой стал профессор Александр Васильевич Мельников (1889-1958).