В период руководства кафедрой и клиникой В.И.Колесовым были продолжены исследования в области абдоминальной хирургии. Значительно расширился их объем в области эндокринной хирургии. Получила новое развитие грудная хирургия. Расширился объем обследования больных. Созданы электрофизиологическая лаборатория (1956), ангиографический кабинет (1957), современные анестезиологическая и реанимационная службы. Это позволило разработать и внедрить целый ряд новых методов хирургического лечения заболеваний сердца.
     Доцентами клиники в этот период работают А.М.Рязанский (с 1948 по 1956 год, до ухода на пенсию), П.П.Рахтанов (с 1951 по 1955 год, до назначения его директором вновь организованного Алтайского Медицинского Института в г.Барнауле), В.Л.Седлецкий (с 1953 по 1955год), Д.Н.Балаценко (с 1955 по 1957 год), И.И.Неймарк (с 1956 по 1957 год, до избрания его заведующим кафедрой факультетской хирургии в Алтайском Медицинском Институте), А.И.Древина (с 1957 по 1964 год, до избрания заведующим кафедрой госпитальной хирургии медицинского факультета Петрозаводского Университета). Наряду с продолжением традиционных направлений в лечебной и научной деятельности, стала развиваться грудная хирургия. В 1958 году официально оформлено существование отделения грудной хирургии на 50 коек.
     Вопросы неотложной хирургии постоянно привлекали внимание ее сотрудников Под редакцией В.И.Колесова вышла монография "Острый аппендицит" (1959). В основу монографии положены данные о 15.000 больных острым аппендицитом, что позволило осветить все теоретические и практические вопросы этого заболевания. В.И.Колесовым была предложена получившая широкую известность классификация острого аппендицита.
     Всесторонне продолжала разрабатываться проблема диагностики и лечения заболеваний щитовидной железы: токсического и узлового аутоиммунного тиреоидита, рака. Улучшилась диагностика рака щитовидной железы, был разработан алгоритм его комплексного лечения (хирургическое лечение, лучевая терапия, лечение радиоактивным йодом).
     С 1961 года группа сотрудников клиники, во главе с В.И.Колесовым, осваивает наиболее трудный раздел кардиохирургии - операции на открытом сердце в условиях искусственного кровообращения по поводу врожденных пороков сердца, а позже и по поводу приобретенных пороков митрального клапана. С успехом в клинике оперируются больные с дефектами межпредсердной и межжелудочковой перегородки, со стенозом легочной артерии и др.. Эта работа была начата в тот период, когда искусственным кровообращением занимались лишь единичные клиники в стране. Впервые в клинической практике успешно выполнены операции непосредственно на самих венечных артериях сердца. До 1969 года в клинике была оказана помощь более, чем 400 больным с коронарной болезнью сердца.
     Так, в клинике, впервые в стране, еще в 1958 году, В.И.Колесовым стала осуществляться двухсторонняя перевязка внутренних грудных артерий при хронической коронарной недостаточности, первый опыт которой был представлен на 1-м Всероссийском съезде хирургов (1958), а несколько позже эта операция стала выполняться и при остром инфаркте миокарда (Р.В.Павлова, 1970). В экспериментах было доказано, что эта простая и безопасная операция улучшает коллатеральное кровоснабжение миокарда путем расширения коллатералей и усиления ретроградного венечного кровотока (М.С.Степанова, 1968). Опыт клиники по применению перевязки внутренних грудных артерий у 294 больных хронической коронарной болезнью был обобщен в докторской диссертации А.И.Древиной "Некоторые хирургические методы лечения больных, страдающих хронической коронарной недостаточностью" (1962).
     Хирургия коронарной болезни сердца получила в клинике дальнейшее развитие. С 1962 года стало выполняться контрастное исследование венечных артерий - коронарография, что позволило устанавливать локализацию и особенности патологического процесса (Л.В.Поташов, Т.Д.Фигурина). К 1964 году были закончены экспериментальные исследования по созданию прямых маммаро-венечных анастомозов с помощью сосудосшивающих аппаратов и бесшовной техники (В.И.Колесов, Л.В.Поташов, К.К.Токаревич, Е.В.Колесов, В.М.Седов, О.Ф.Кругликова). Первая операция в клинических условиях выполнена В.И.Колесовым, как уже говорилось, 25 февраля 1964 года. В 60-х годах в клинике был накоплен наибольший в стране опыт по лечению ишемической болезни сердца. Этот опыт был обобщен в монографии под редакций В.И.Колесова "Хирургическое лечение коронарной болезни сердца" (1966).
     Серьезные изменения в учебном процессе произошли в 60-70-е годы. Студентам на практических занятиях была предоставлена большая самостоятельность при обследовании курируемых больных, производстве диагностических и лечебных манипуляций, при работе в перевязочной и операционной; при строгом контроле, конечно, со стороны преподавателя. При разборе больного студенты стали активно участвовать в постановке диагноза, проведении дифференциального диагноза, выборе метода лечения. В конце курации студент защищал написанную им историю болезни.
     Лекционный курс, читаемый профессором и доцентами расширился.. В конце учебного года, кроме того, читались дополнительно факультативные лекции по неотложной хирургии и травматологии (В.И.Колесов); с 1957 года проводятся занятия по анестезиологии (А.О.Левин), переливанию крови (Л.Д.Данилова), десмургии (М.Д.Моисеенко). В дальнейшем, было сокращено число часов лекционного курса и на 1 неделю уменьшен цикл практических занятий, а производственная практика в последние годы была перенесена на летний период после V курса.
     В 1966 году начато и в 1970 году завершено строительство нового здания клиники. Этот новый корпус был спроектирован и построен как дополнительный к старому, историческому зданию клиники.
     В декабре 1976 года, после ухода на пенсию профессора В.И.Колесова, кафедру и клинику возглавил профессор Лев Валерьевич Лебедев.