Лечебная деятельность клиники в годы руководства А.В.Мельникова напрямую связана с научными направлениями, которые им разрабатывались в эти годы. В частности, всестороннее развитие получает желудочная хирургия. Изучаются клиническое течение и диагностические приемы при раке желудка и предопухолевых заболеваниях (язвах желудка, хроническом гастрите, полипах), исследуется клинико-физиологический характер этих состояний, их анатомические, патоморфологические и патофизиологические особенности.
     Дополнительное оснащение операционного блока клиники аппаратурой для наркоза расширяет возможности проведения крупных оперативных вмешательств на органах брюшной полости. К концу 50-х годов в клинике проходят лечение до 2.500-3.000 больных и выполняется до 1.400-1.600 операций в год. В клинике организуются палаты для послеоперационного наблюдения и лечения наиболее тяжелых больных.
     Расширяются возможности рентгенологической службы. Начинают широко применяться методики исследования желудочно-кишечного тракта. Ввиду того, что большой процент операций выполнялся по поводу опухолевого поражения желудочно-кишечного тракта, в клинике оборудуется и открывается кабинет лучевой терапии для послеоперационного лечения больных. Глубокое изучение патоморфологии, патофизиологии, гистологии предопухолевых заболеваний желудочно-кишечного тракта позволило в 1953-1954 годах открыть в клинике собственную патоморфологическую лабораторию.
     Основными направлениями научной деятельности кафедры и клиники факультетской хирургии в этот период стало всестороннее изучение клинической картины и разработка диагностических методов при раке желудка и предопухолевых заболеваниях (язвах желудка, хроническом гастрите, полипах). Исследования носили клинико-физиологический характер. В клинике, под руководством доктора биологических наук В.С.Шевелевой, организуется клинико-физиологическая лаборатория, в которой исследуются функциональные нарушения внутренних систем при различных заболеваниях желудка. В результате выясняется, что развитию рака желудка предшествуют весьма значительные нарушения, развивающиеся не только в этом органе, но и в других системах (А.В.Мельников, В.С.Шевелева, С.А.Иохельсон, Л.Д.Данилова, А.О.Левин, Н.М.Павлова). Выясняется связь рака желудка с нарушением нейро-гуморальной регуляции в тканях организма, извращенность реакций на введение адреналина у этих больных (А.В.Мельников, В.С.Шевелева, Е.В.Смирнова).
     В 50-e годы выходят в свет 2 монографии А.В.Мельникова, посвященные этой проблеме: "Клиника рака желудка" (1950) и "Клиника предопухолевых заболеваний желудка" (1954), удостоенная премии АМН СССР.
     В клинике по-прежнему лечатся больные с заболеваниями щитовидной железы. Разработка методов диагностики, предоперационной подготовки и оперативной техники при токсическом и узловом нетоксическом зобах (Е.С.Драчинская, Т.Н.Черносвитова) осуществляется совместно с эндокринологами больницы - профессорами В.Г.Барановым и М.П.Андреевой. Этой теме посвящены 27 работ сотрудников клиники.
     Результаты научных исследований представлены в 11 диссертационных работах (3 докторских и 8 кандидатских), вышедших из клиники в течение 1954-1959 годов. Клинике рака желудка посвящены кандидатские диссертации Л.Д.Даниловой (1955), Н.М.Павловой (1955), И.Г.Иванова (1956), А.О.Левина (1956), В.Н.Цотниашвили (1957); доброкачественным опухолям желудка - кандидатская диссертация Л.Н.Камардина (1958); перфоративной язве желудка и двенадцатиперстной кишки - докторская диссертация И.И.Неймарка (1955); флегмонам желудка и кишечника - кандидатская диссертация М.Д.Моисеенко (1954); функции печени при хирургических заболеваниях - докторская диссертация С.А.Иохельсона (1956); осложнениям после резекции желудка по поводу язвы его и двенадцатиперстной кишки - докторская диссертация Р.И.Левина (1958); осложнениям после резекции желудка по поводу рака его и двенадцатиперстной кишки - кандидатская диссертация И.Н.Ершовой (1959). Оформляется докторская диссертация Д.Н.Балаценко о послеоперационных спайках и их осложнениях, которая не была защищена в связи с безвременной смертью автора.
     В 1955 году заведующим кафедрой факультетской хирургии был избран профессор Василий Иванович Колесов (1904-1992) и это определило характер ее развития на последующие 22 года.