С 1993 года в клинике, как и прежде, лечебная деятельность осуществлялось в 5 отделениях: общехирургическом № 1 на 60 коек (зав. - М.В.Лихачева), общехирургическом № 2 (зав. - В.В.Юрлов до 1995 года, А.Б.Салов с 1995 года), сердечно-сосудистой хирургии на 40 коек (зав. - В.М.Пизин), микрохирургии на 30 коек (зав. - В.В.Шломин до 1997 года, И.В.Баталин с 1997 года), реанимации и интенсивной терапии на 12 коек (зав. - Л.С.Александрова). Операционно-анестезиологическое отделение (6 операционных) возглавляет В.А.Ковалев. Общее количество коек составляло 190.
     В 1997 году отделения сердечно-сосудистой хирургии и микрохирургии были объединены в одно отделение сердечно-сосудистой хирургии на 60 коек (зав. - В.М.Пизин). Общее число коек в клинике сократилось до 180.
     В 1996 году, после оснащения клиники вторым ангиографическим комплексом фирмы "Сименс", существовавший до этого ангиографический кабинет преобразован в отделение эндоваскулярной хирургии (зав. - Р.А.Азовцев). Небольшой коллектив (врачи: В.А.Крейль, А.Б.Волков, анестезиолог В.А.Яблокова, инженер С.А.Связев, медсестры Н.П.Петушенко, Е.В.Волкова, Г.Н.Жильцова, С.И.Кравченко) выполняет значительный объем диагностических исследований и эндоваскулярных вмешательств.
     Кроме того, на базе отделения, после дополнительного оснащения, стали выполняться электрофизиологические исследования сердца, операции на проводящих путях сердца при нарушениях его ритма и имплантация электрокардиостимуляторов (С.М.Яшин, Я.Ю.Думпис).
     В клинике также работает эндоскопический кабинет (С.Д.Тарбаев), кабинет функциональной диагностики (А.Ф.Лукьянова), кабинет ультразвуковой диагностики (Я.В.Дмитриева), рентгеновский кабинет (А.Б.Стучинская), лаборатория коррекции нарушений реологии крови и липидного обмена (Ю.В.Лукьянов).