B 1900 году он стал заведующим кафедрой и профессором факультетской хирургической клиники Женского Медицинского Института.
     В годы становления основных клинических кафедр ЖМИ А.А.Кадьян опубликовал свои работы: "Повреждения и заболевания кишок и брыжейки" (1902), "Хлороформ или эфир" (1904), "Новые методы эфирного усыпления" (1909), "О возврате желчекаменной болезни после удаления желчного пузыря" (1916).
     На заседаниях Хирургического общества он демонстрировал результаты редких еще в то время операций: удаление всей нижней конечности вместе с безымянной костью (1900), удаление почек у ребенка 6 месяцев (1911). Современники А.А.Кадьяна отмечали, что оперировал он уверенно, широко выполнял разработанные к тому времени хирургические вмешательства, еще в Симбирске производил трепанации черепа, операции на органах живота и таза, первым в России удалил почку.
     В 1892-1902 годах возглавлял библиотеку Общества русских врачей в память Н.И.Пирогова, в 1903-1905 годах - был председателем этого Общества, активно работал директором ЖМИ в 1905-1911 и 1914-1917 годах, председателем Общества больничных врачей им.М.П.Боткина (1901-1905 г.г.), был почетным председателем Х Пироговского съезда врачей России (1907 год, Москва), на ХI съезде (1910 год, Петербург) - заведовал отделом врачебного быта, а на XII - (1913 год, Москва) - отделом хирургии.
     А.А.Кадьян недолго заведовал клиникой и в 1901 году основал и возглавил клинику госпитальной хирургии, которой руководил до конца жизни. Заведовать кафедрой и клиникой факультетской хирургии был приглашен профессор Юлий Юльевич Трейберг, который руководил ею в течение 4-х лет до 1905 года.